本系大學部於民國81年成立,當時曾參酌國內大學相關學系,審慎安排各項課程。嗣後,並依據教學成效及回應社會需求,持續強化基本訓練,更新課程內容。民國86學年度,遵循本校政策,針對該學年度入學新生,自大三起實施專長分攻,計分「環境規劃管理」、「環境工程技術」及「環境監測分析」等三組。民國87學年度,本系招生人數由單班調整為雙班,並針對88學年度新生,專長分攻劃分改為「市政組」及「工業組」,強化「土木工程」及「化學工程」的基本訓練,92學年度起除「化工」及「土木」之基本訓練外,更加強「工業安全衛生」與「環境規劃管理」之訓練,俾使學生未來充分因應環保技術的專業需求,擴大就業領域。

本系除修習環境工程學基本科目外,並自大三起進行專長分攻,學生可依其性向及未來前景規劃,經與導師諮詢後,選擇「都市環境保護」、「工業污染防治」、「工業安全衛生」或「環境規劃管理」作為專業領域。「共通污染處理」偏重廢棄物處理與資源再生。「都市環境保護」偏重市政環保工程,即自來水工程、污水工程等。「工業污染防治」偏重於工業程序及工業污染預防。「工業安全衛生」著重於工作場所、作業環境安全測定及危險評估。「環境規劃管理」偏重於環境管理系統、環境影響評估、稽查與申報。